Guatavita en sus inicios fue el centro religioso y cultural de los Muiscas del Zipazgo, allí donde se encontraba la laguna sagrada el cual fue templo máximo para la veneración de Chie, el agua, y celebraban ceremonias para el inicio de un nuevo cacicazgo. De allí también proviene la legenda del Dorado. En muisca Guatavita significa fin de la labranza o punto de la sierra.

El primer pueblo de Guatavita estaba ubicado al pie del cerro montecillo y alrededor de este estaban ubicadas las capitaníes de Chaleque, Tuneche y Tuminé las cuales no le hacían ventaja ya que tenían una tierra fértil y rica, entonces tenía más pobladores.

Fue el 18 de Marzo en el año 1593 cuando el oidor Miguel de Ibarra fundo Guatavita uniendo los pueblos de Chaleque, Tuneche y Tunimé.

En la Guatavita antigua sus pobladores se dedicaban la mayoría a la agricultura, también con la exportación de pollos, huevos y manufacturas de fique, lana burda y explotación de carbón.

Buscando el bienestar para la hidroelectricidad de la capital y evitar inundaciones de la misma en 1967 se inunda el pueblo de Guatavita  ya que se encontraban situada en un lugar donde los ríos Aves y Siecha se encontraban y surtían el rio Bogotá.

En 1964 se comienza a construir la nueva Guatavita con edificaciones modernas o nuevas que tenían un estilo colonial. Luego de tres años los habitantes de la antigua Guatavita se trasladaron a la nueva, con nuevas actividades económicas como lo es la siembra de papa, maíz, arveja entre otros productos y la ganadería.

Las ruinas de la antigua Guatavita se encuentran en el sur del fondo del embalse del Tominé.

La ciudad consta de 2 partes de familia, la nativa está conformada por un conjunto de casas simétricas donde vive la población  nativa y  en la parte cívica